Vingt-neuf espèces de cétacés résident dans l'archipel des Canaries, un carrefour biogéographique où le courant froid des Canaries rencontre les eaux subtropicales de l'Atlantique.
Les côtes ouest et sud de Fuerteventura servent de corridors migratoires pour les globicéphales, les grands dauphins et des visiteurs saisonniers, notamment les rorquals communs et les dauphins à bec étroit. Le chenal entre Fuerteventura et Lanzarote, connu localement sous le nom d'El Río, concentre des remontées d'eau riches en nutriments qui soutiennent des bancs de sardines et de maquereaux, attirant les mammifères marins toute l'année. Les enquêtes scientifiques menées depuis 1999 ont documenté des observations lors de 85 % des expéditions enregistrées, les globicéphales tropicaux et les dauphins tachetés de l'Atlantique étant les plus fréquemment observés.
Les excursions d'observation des dauphins et baleines à Fuerteventura partent de deux ports principaux : Puerto de Morro Jable au sud et Puerto de Corralejo au nord. Les expéditions de Morro Jable traversent la réserve marine de Jandía, où des monts sous-marins volcaniques s'élèvent brusquement de la plaine abyssale, créant des fronts thermiques qui attirent les regroupements alimentaires. Les départs de Corralejo suivent le corridor de l'île de Lobos, une zone d'eau peu profonde prisée par les groupes de grands dauphins et parfois par des tortues caouannes. Les deux itinéraires fonctionnent selon la charte canarienne d'observation des cétacés, qui impose des distances d'approche de 60 mètres, interdit le passage à l'étrave et limite le bruit des moteurs lors des rencontres. Les navires transportent des biologistes marins certifiés qui enregistrent les espèces, la taille des groupes et les données comportementales pour des études de population en cours, coordonnées avec l'Université de La Laguna.
Les îles Canaries ont la distinction d'être l'une des trois régions européennes désignées « Whale Heritage Site » par la World Cetacean Alliance, une reconnaissance accordée en 2021 pour la conservation durable et les pratiques de tourisme responsable. La contribution de Fuerteventura à cette désignation repose sur deux décennies de conformité des opérateurs et d'éducation publique. La plupart des excursions d'observation des dauphins et baleines à Fuerteventura intègrent des arrêts de snorkeling sur des récifs volcaniques ou dans des criques isolées, permettant aux passagers de témoigner de la topographie sous-marine qui façonne le comportement des cétacés. L'origine volcanique de l'île, vieille de moins de 20 millions d'années, produit des pentes abruptes à moins d'un mille marin de la côte, créant l'habitat en eau profonde dont les grands cétacés ont besoin à proximité des infrastructures humaines.
Les dauphins tachetés de l'Atlantique présentent des changements comportementaux saisonniers : le jeu à l'étrave domine les mois d'été, tandis que l'automne et l'hiver favorisent des formations de groupes plus serrées et une chasse coordonnée. Les globicéphales, en revanche, restent semi-résidents, privilégiant les mêmes canaux profonds en toutes saisons. Les rorquals de Bryde traversent les eaux de Fuerteventura pendant les migrations du printemps et de l'automne, bien que les observations restent opportunistes. La convergence des routes migratoires, des populations résidentes et des corridors marins protégés maintient l'une des zones d'observation des cétacés les plus fiables d'Europe, accessible en 30 minutes de navigation depuis l'un ou l'autre des points de départ.
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